哺乳动物的基因组由数亿个碱基对组成，其中非编码区域约占据百分之99。在CRISPR-Cas9技术问世之前，对这些区域的功能进行注释一直是生命科学领域的难题。随着CRISPR-Cas9技术的出现，基因组序列编辑变得更加精准和便捷。然而，由于整个基因组序列的庞大，使用饱和突变筛选方法对非编码基因组进行注释时需要合成大量的文库。因此，开发高效低成本的gRNA文库合成方法对促进基因组注释的发展至关重要。本团队开发的CTDE方法是一套依赖于可逆终止子系统的合成技术，该技术可利用感兴趣的DNA文库作为模板，合成出整个gRNA文库。CTDE合成出的文库长度统一，且忠实于模板DNA，这为非模式生物或有突变的基因组进行筛选铺平了道路。

近日，张龙团队针对肝癌细胞中表观遗传修饰H3K4me3的区域进行了gRNA文库的构建，并在该细胞系中系统地进行了功能元件鉴定。作为示例，该团队发现长非编码RNA LINC00339受到其内含子的调控，并揭示该LncRNA是一个新的肝癌细胞周期调控因子，影响肝癌细胞的增殖，为后续肝癌诊断和治疗奠定了重要基础。

CTDE技术高效且成本低，可对感兴趣的核酸进行文库的构建，为解析哺乳动物全基因组序列功能的探究提供了一种新的解决方案。浙江大学生命科学研究院博士研究生潘辰、李然、肖政云和浙江大学第一附属医院水丽燕为论文的第一作者，浙江大学医学院附属第一医院郑敏教授、贾俊岭和生命科学研究院张龙教授为本文通讯作者。本研究获得国家自然科学基金、浙江省重点研发项目的经费支持。

图1. CTDE法合成gRNA文库示意图

原文链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkad198/7080829