2024年6月25日，浙江大学生命科学研究院蒋超实验室联合浙大一院等多家单位在iMeta在线发表了题为“MASS cohort: Multicenter, longitudinal, and prospective study of the role of microbiome in severe pneumonia and host susceptibility”的短文。文章介绍了目前正在构建的重症肺炎微生物组千人队列，即MASS队列（ClinicalTrials.gov ID: NCT06114784）。该队列将深度宏基因组学和转录组学与详尽的临床数据相结合，旨在揭示肺部和肠道微生物组的动态及其与重症肺炎和宿主易感性的关联。

       肺部微生物组可影响肺炎等各类肺部疾病的发生发展及宿主免疫，关乎重症患者的生存。肺炎可分为三种类型，包括社区获得性肺炎（CAP）、医院获得性肺炎（HAP）和呼吸机相关肺炎（VAP）。由于复杂的致病机制和个体异质性，重症肺炎微生物组与宿主易感性之间关系的有待探索，亟需构建大规模ICU患者队列。现有的肺部微生物组研究受限于较小的规模、缺乏多中心参与，且往往利用单一时间点的16S测序数据，无法深度解析动态的微生物组。尽管有研究对诱导痰样本进行了大规模的宏基因组分析，但该类样本会被上呼吸道及口腔的微生物污染，不能完全表征下呼吸道。此前的MARS队列为大规模重症疾病研究提供了范式，该团队招募来自荷兰ICU的2000多名败血症患者，并展开了多角度研究。

       MASS是一项前瞻性、多中心的队列，包括来自三个省份、十个城市、19家医疗中心的26个ICU，计划招募2000例ICU重症肺炎患者。在这些医疗中心中，14家位于浙江省的七个城市，形成ZJ队列；另外五家位于河南省和陕西省，构成非ZJ队列，可作为外部验证。当患者入组时，我们会记录其基本信息、病史和影像学检查结果。同时，收集支气管肺泡灌洗液（BALF）、痰液、粪便和血液样本，进行实验室培养及测序。如果条件允许，我们还将在患者入住ICU的第4、7、14和21天纵向采集上述样本。

       截至2024年2月，MASS队列已招募了286名患者。其中，60.8%的患者来自ZJ队列，39.2%属于非ZJ队列。67.8%的患者被确诊为CAP，HAP和VAP的患者分别占24.1%和5.24%。入组患者的中位年龄为69岁，男性占73.1%。接受有创机械通气的患者占87.8%。47.5%的患者从急诊科转入，26.6%从内科转入，16.4%从其他ICU转入，8.7%从外科转入。在ICU住院时间超过28天的患者占9.1%。对治疗结果的统计显示，截至2024年4月1日，53.5%的患者好转出院，11.2%在院内死亡，3.8%转入上级医院，2.1%的患者仍在住院治疗。截至2024年2月底，MASS队列共收集了502份BALF、484份痰液、386份粪便、282份全血和292份血清。

       总之，MASS队列通过收集包括全呼吸道在内的纵向生物学样本和全面的临床数据，整合宏基因组、转录组、代谢组、蛋白质组学和表型分析，为探索微生物组对重症肺炎和宿主易感性的影响提供了丰富的资源。MASS队列研究将增进人们对新发病原体、不良预后危险因素以及ICU患者生存决定因素的理解。

       蒋超实验室博士生魏昕、中国医学科学院病原生物学研究所研究员郭丽、浙大一院重症医学科主任蔡洪流、传染病重症诊治全国重点实验室助理研究员顾思岚、树兰（杭州）医院副院长汤灵玲、北京大学第三医院副研究员冷玉鑫为论文的共同第一作者。浙大一院医师黄灵童、浙大生研院研究员蒋超、中国医学科学院学部委员王健伟、病原生物学研究所副所长任丽丽为共同通讯作者。该研究已获得浙大一院及其他参与医院伦理委员会的批准，受国家自然科学基金、国家科技重大专项及国家重点研发计划的资助。

原文链接: https://doi.org/10.1002/imt2.218