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周琦实验室在Genome Research以封面期刊报道了1月7日在线发表的鸸鹋基因组研究 2021年3月1日，我院周琦实验室以浙江大学为第一通讯单位在GenomeResearch在线发表（1月7日）的鸸鹋的基因组研究工作以封面期刊形式正式发表。该工作通过实验室产生的高质量染色体水平的鸸鹋基因组与其他鸟类基因组进行比较发现，鸸鹋和鸵鸟等大型鸟类相比其他鸟类物种基因组演化的速率慢很多。这可能是由于它们相同单位时间内的代谢速率要比其他物种慢，代际时间要更长。这也表现在它们的性染色体上：绝大多数鸟类的性染色体已几乎完全分化，W染色体呈高度异染色质化，而鸸鹋和鸵鸟的W染色质依然大部分序列仍为常染色质。这些研究结果由文章作者通过封面设计体现出来：鸸鹋所牵引的黄色DNA链呈松散的常染色质状态，而其他鸟类围绕的是紧致的异染色质。另外两条DNA链分别呈现Z和W字母形态，意为鸟类的ZW性染色体。封面下方描绘的示意性的细胞核也体现了常染色质和异染色质在细胞核中的差异分布：蓝色紧致的异染色质线团倾向于分布接近细胞核膜处，而常染色质倾向于分布接近细胞核核仁。文章链接：https://genome.cshlp.org/content/early/2021/01/05/gr.271569.120.abs 2021.03.04
徐平龙实验室在PLoS Biology发文鉴定首个YAP蛋白磷酸酶并解析其肠道与肝脏再生功能 2021年2月25日，我院徐平龙实验室在PLoSBiology上发表了题为“TheproteinphosphatasePPM1AdephosphorylatesandactivatesYAPtogovernmammalianintestinalandliverregeneration”的研究论文。该文章鉴定了PPM1A是首个靶向YAP的蛋白磷酸酶，并利用数种小鼠与类器官模型阐明PPM1A通过作用于Hippo-YAP信号通路调控肠道和肝脏器官损伤后再生的生理功能。肠道黏膜炎性损伤是高发的消化道疾病，给病人带来巨大痛苦与经济损失，肠道上皮的完整性与再生能力对机体抵御外界环境威胁至关重要。Hippo-YAP信号通路响应多种胞内外信号，在组织稳态维持、器官再生和肿瘤发生中发挥着重要功能，该信号通路失调也会造成慢性肠炎等严重疾病。蛋白质磷酸化与去磷酸化等翻译后修饰是Hippo-YAP信号通路转导的基础。但是，Hippo通路的主要信号效应蛋白YAP本身是否存在去磷酸化修饰还未可知，而哺乳动物中Hippo-YAP通路去磷酸化修饰的生理功能，也尚不明确。徐平龙实验室通过对哺乳动物丝/苏氨酸蛋白磷酸酶c 2021.02.26
靳津实验室在Science Advances发表研究性论文阐述IKK激酶选择性识别底物的分子机制 NF-κB是一种广泛存在于真核细胞中，调节基因转录的蛋白复合物，其信号通路的精细调控，与免疫反应和其他例如细胞增殖、转化、凋亡等关键病理生理过程密切相关。作为经典NF-κB信号通路的关键调控因子，IKKβ起到识别并磷酸化下游底物IκB家族蛋白的作用。磷酸化的IκB家族蛋白，即IκBα和p105蛋白，通过泛素化修饰和蛋白酶体依赖性降解途径，将具有转录起始活性的NF-κB分子释放到细胞核中，启动相关基因的表达。在不同的病理生理情况下，IKKβ经不同的刺激和调节机制诱导不同底物的活化，但目前领域内对IKKβ如何选择性识别特定底物的分子机制还所知甚少。经典NF-κB通路在各种髓样细胞介导的先天免疫应答中起重要作用，该途径的激活也与炎症性肠病（IBD）的发生密切相关。研究表明，具有突变Nfkb1基因（编码p105）的IBD患者病理表现更为严重，而不能表达p105的突变体小鼠会出现自发性肠道炎症的情况。因此，IKKβ对p105的选择性识别和激活在IBD的发生发展过程中起重要作用。由于NF-κB参与各种生理病理过程，目前抑制该通路的药物具有广泛的副作用，不能实现临床上有效的肠道炎症治疗。2021年1 2021.01.18
蒋超研究员在Nature Protocols上发表个体生物和化学空气暴露组组分的研究方法 2021年1月13日，蒋超研究员在NatureProtocols上在线发表题为：“Decodingpersonalbioticandabioticairborneexposome”的方法学文章。该文章从设备开发、试验流程以及生信分析角度系统的描述了揭秘个体水平空气暴露组组分的研究方法。人类疾病是由个体遗传和环境因素共同决定的。而环境的影响可归因为生物、化学、物理甚至是心理等因素（图1）。不正常的环境暴露，特别是在幼儿时期，会大大增加各种急性和慢性疾病，包括癌症、过敏/哮喘和自身免疫性疾病的发生。环境暴露组(Exposome)是近几年新兴的针对于环境因素运用先进技术手段进行大规模量化，并研究这些组分与人类、动物以及其他生物健康状态/疾病发生发展关系的学科。环境暴露组中又以空气中的成份最难以开展研究。因此，开发高通量方法，以高灵敏度和高准确性定性和定量个体空气暴露组组分至关重要。图1.个体环境暴露组简图早期的暴露组研究主要通过调查问卷、靶向检测已知的毒素和病原体、非靶向检测生物和化学组分，以及利用固定监测建立环境污染物的地理信息系统模型以量化外部暴露组的个性化生理反应。已鉴定数百万种有机化 2021.01.15
周琦实验室在Nature、Genome Res和GigaScience同日发表三篇论文系统阐述动物性染色体多样性性染色体从遗传上决定了两性之间截然不同的生殖器官发育命运和成年个体的外形差异，展现出许多与常染色体截然不同的基因组特点和演化模式，一直是生物学家追踪的研究对象。经典的性染色体演化理论认为，性染色体通常起源于一对古老的常染色体，为了防止性别决定基因在性染色体之间发生交换，性别决定座位之间通常不发生同源重组。这种重组抑制的代价是雄性特异的Y染色体，或者雌性特异的W染色体发生不可逆的退化，丢失了绝大多数与性别无关的基因，成为“基因坟墓”。现在这种人类和果蝇等模式动物中都报道过的性染色体演化的一般模式受到其他动物研究结果的挑战。2021年1月7日，我院周琦实验室以浙江大学为第一或共同通讯单位在Nature,GenomeResearch和GigaScience在线分别发表鸭嘴兽、北京鸭和澳洲鸸鹋高质量染色体水平基因组和性染色体演化分析。其中发表于Nature的鸭嘴兽工作为周琦实验室与澳大利亚Adelaide大学FrankGrutzner团队、华大基因和丹麦哥本哈根大学张国捷团队共同合作完成，其他两项工作为周琦实验室独立完成。图1鸭嘴兽（照片由DougGimesy提供）三项工作系统性刻画了动物性染 2021.01.11

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